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Tubacin HDAC inhibitor

N. Cat.: S2239

Tubacin is a highly potent and selective, reversible, cell-permeable HDAC6 inhibitor with an IC50 of 4 nM in a cell-free assay, approximately 350-fold selectivity over HDAC1. This compound reduces the replication of the Japanese Encephalitis Virus via the decrease of viral RNA synthesis.
Tubacin HDAC inhibitor Chemical Structure

Struttura chimica

Peso molecolare: 721.86

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Controllo Qualità (Quality Control)

Lotto: Purezza: 99.19%
99.19

Coltura cellulare, trattamento e concentrazione di lavoro
(Cell Culture, Treatment & Working Concentration)

Linee cellulari Tipo di saggio Concentrazione Tempo di incubazione Formulazione Descrizione dell'attività PMID
mammalian cells Function assay Tested for inhibition of Histone deacetylase 6 induced acetylated tubulin in mammalian cells, EC50=2.9μM 14584932
T24 Function assay Induction of histone H3 acetylation in human T24 cells, EC50=2.9μM 19111466
RAW264.7 Function assay Protection against Bacillus anthracis protective antigen and lethal toxin-diphtheria toxin chimeric protein mediated cytotoxicity in mouse RAW264.7 cells assessed as cell viability 16408003
CHO Function assay Inhibition of Bacillus anthracis anthrax protective antigen heptamer pre-pore to pore conversion in CMG2-expressing CHO cells 23964961
HeLa Function assay 6 hrs Inhibition of HDAC6 in human HeLa cells assessed as reduction in K40 hyperacetylation of alpha-tubulin incubated for 6 hrs by immunofluorescence assay, IC50=2.9μM 25454270
DAOY qHTS assay qHTS of pediatric cancer cell lines to identify multiple opportunities for drug repurposing: Primary screen for DAOY cells 29435139
SJ-GBM2 qHTS assay qHTS of pediatric cancer cell lines to identify multiple opportunities for drug repurposing: Primary screen for SJ-GBM2 cells 29435139
A673 qHTS assay qHTS of pediatric cancer cell lines to identify multiple opportunities for drug repurposing: Primary screen for A673 cells 29435139
SK-N-MC qHTS assay qHTS of pediatric cancer cell lines to identify multiple opportunities for drug repurposing: Primary screen for SK-N-MC cells 29435139
BT-37 qHTS assay qHTS of pediatric cancer cell lines to identify multiple opportunities for drug repurposing: Primary screen for BT-37 cells 29435139
NB-EBc1 qHTS assay qHTS of pediatric cancer cell lines to identify multiple opportunities for drug repurposing: Primary screen for NB-EBc1 cells 29435139
SK-N-SH qHTS assay qHTS of pediatric cancer cell lines to identify multiple opportunities for drug repurposing: Primary screen for SK-N-SH cells 29435139
NB1643 qHTS assay qHTS of pediatric cancer cell lines to identify multiple opportunities for drug repurposing: Primary screen for NB1643 cells 29435139
LAN-5 qHTS assay qHTS of pediatric cancer cell lines to identify multiple opportunities for drug repurposing: Primary screen for LAN-5 cells 29435139
BT-12 qHTS assay qHTS of pediatric cancer cell lines to identify multiple opportunities for drug repurposing: Primary screen for BT-12 cells 29435139
Rh18 qHTS assay qHTS of pediatric cancer cell lines to identify multiple opportunities for drug repurposing: Primary screen for Rh18 cells 29435139
OHS-50 qHTS assay qHTS of pediatric cancer cell lines to identify multiple opportunities for drug repurposing: Primary screen for OHS-50 cells 29435139
RD qHTS assay qHTS of pediatric cancer cell lines to identify multiple opportunities for drug repurposing: Primary screen for RD cells 29435139
MG 63 (6-TG R) qHTS assay qHTS of pediatric cancer cell lines to identify multiple opportunities for drug repurposing: Primary screen for MG 63 (6-TG R) cells 29435139
Rh30 qHTS assay qHTS of pediatric cancer cell lines to identify multiple opportunities for drug repurposing: Primary screen for Rh30 cells 29435139
Rh41 qHTS assay qHTS of pediatric cancer cell lines to identify multiple opportunities for drug repurposing: Primary screen for Rh41 cells 29435139
A549 Function assay 20 hrs Inhibition of HDAC-6 in human A549 cells assessed as induction of alpha-tubulin acetylation after 20 hrs by cytoblot analysis, EC50=2.5μM ChEMBL
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Informazioni chimiche, conservazione e stabilità (Chemical Information, Storage & Stability)

Peso molecolare 721.86 Formula

C41H43N3O7S

 Conservazione (Dalla data di ricezione)
N. CAS 537049-40-4 -- Conservazione delle soluzioni stock

Sinonimi N/A Smiles C1C(OC(OC1C2=CC=C(C=C2)CO)C3=CC=C(C=C3)NC(=O)CCCCCCC(=O)NO)CSC4=NC(=C(O4)C5=CC=CC=C5)C6=CC=CC=C6

Solubilità (Solubility)

In vitro
Lotto:

DMSO : 100 mg/mL (138.53 mM)
(Il DMSO contaminato da umidità può ridurre la solubilità. Utilizzare DMSO fresco e anidro.)

Water : Insoluble

Ethanol : Insoluble

Calcolatore di Molarità

Massa Concentrazione Volume Peso molecolare
Calcolatore di Diluizione Calcolatore del Peso Molecolare

In vivo
Lotto:

Calcolatore di formulazione in vivo (Soluzione chiara)

Passo 1: Inserire le informazioni di seguito (Consigliato: Un animale aggiuntivo per tenere conto della perdita durante l'esperimento)

mg/kg g μL

Passo 2: Inserire la formulazione in vivo (Questo è solo il calcolatore, non la formulazione. Contattateci prima se non c'è una formulazione in vivo nella sezione Solubilità.)

% DMSO % % Tween 80 % ddH2O
%DMSO %

Risultati del calcolo:

Concentrazione di lavoro: mg/ml;

Metodo per preparare il liquido master di DMSO: mg farmaco predissolto in μL DMSO ( Concentrazione del liquido master mg/mL, Vi preghiamo di contattarci prima se la concentrazione supera la solubilità del DMSO del lotto del farmaco. )

Metodo per preparare la formulazione in vivo: Prendere μL DMSO liquido master, quindi aggiungereμL PEG300, mescolare e chiarire, quindi aggiungereμL Tween 80, mescolare e chiarire, quindi aggiungere μL ddH2O, mescolare e chiarire.

Metodo per preparare la formulazione in vivo: Prendere μL DMSO liquido master, quindi aggiungere μL Olio di mais, mescolare e chiarire.

Nota: 1. Si prega di assicurarsi che il liquido sia limpido prima di aggiungere il solvente successivo.
2. Assicurarsi di aggiungere il/i solvente/i in ordine. È necessario assicurarsi che la soluzione ottenuta, nell'aggiunta precedente, sia una soluzione limpida prima di procedere all'aggiunta del solvente successivo. Metodi fisici come il vortex, gli ultrasuoni o il bagno d'acqua calda possono essere utilizzati per facilitare la dissoluzione.

Meccanismo d'azione (Mechanism of Action)

Caratteristiche
The first known selective inhibitor of α-tubulin deacetylation.
Targets/IC50/Ki
HDAC6
(Cell-free assay)
4 nM
In vitro

Tubacin, senza stabilizzare direttamente i microtubuli, induce un aumento dell'acetilazione dell'α-tubulina con EC50 di 2,5 μM nelle cellule A549. Questo composto inibisce la deacetilazione dell'α-tubulina mediata da HDAC6 e inibisce la migrazione sia delle cellule wild-type che delle cellule che sovraesprimono HDAC6. In combinazione, migliora sinergicamente l'acetilazione della tubulina. Questa sostanza chimica inibisce significativamente la crescita delle cellule MM sia sensibili che resistenti ai farmaci con IC50 di 5–20 μM e induce l'apoptosi cellulare mediante l'attivazione delle caspasi.

Saggio chinasico
Saggio di inibizione enzimatica
I saggi di inibizione enzimatica vengono eseguiti utilizzando la piattaforma HDAC Spectrum di Reaction Biology. I saggi HDAC1, 2, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 e 11 hanno utilizzato proteine umane ricombinanti isolate; il complesso HDAC3/NcoR2 viene utilizzato per il saggio HDAC3. Il substrato per i saggi HDAC1, 2, 3, 6, 10 e 11 è un peptide fluorogenico dai residui 379-382 di p53 (RHKKAc); il substrato per HDAC8 è un dipeptide fluorogenico basato sui residui 379-382 di p53 (RHKAcKAc). Il substrato Acetil-Lis(trifluoroacetil)-AMC viene utilizzato per i saggi HDAC4, 5, 7 e 9. I composti vengono sciolti in DMSO e testati in modalità IC50 a 10 dosi con diluizione seriale di 3 volte a partire da 30 μM. Il composto di controllo Trichostatina A (TSA) viene testato in un IC50 a 10 dosi con diluizione seriale di 3 volte a partire da 5 μM. I valori di IC50 vengono estratti adattando la curva delle pendenze dose/risposta.
In vivo

Negli embrioni di pollo, l'inibizione dell'attività di HDAC6 da parte di Tubacin riduce la formazione di nuovi vasi sanguigni nella rete di matrigel/nylon. In angioreattori impiantati in topi, questo composto compromette anche la formazione di nuovi vasi sanguigni.

Riferimenti
  • [4] https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/15937109/
  • [5] https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/21359602/

Applicazioni (Applications)

Metodi Biomarcatori Immagini PMID
Western blot Acetyl-α-tubulin / α-tubulin / pERK / ERK / p-MLC / MLC
S2239-WB1
26783207
Immunofluorescence p62 / HDAC6 Phalloidin / MYH9 Acetylated Microtubules / Viral HA
S2239-IF1
26643866
Growth inhibition assay Cell viability
S2239-viability1
29845122